As primeiras reuniões surgiram no inicio de 2005 em Brasília, com um grupo de mantenedores de diversas IES isoladas e integradas que mensalmente compareciam às reuniões do CNE e de diversas associações de classe, que se sentiam desapontados com a falta de atenção e o menosprezo com os interesses das IES Isoladas e Integradas. 

Desta feita a ABRAFI surgiu com o intuito de defender e postular legitimamente os interesses das Faculdades Isoladas, Integradas e os Institutos Superiores, uma vez que até então esse segmento encontrava-se em desvantagem e sem defesa legítima junto aos órgãos do poder público responsáveis pelo segmento. 

O grupo fundador, composto por  vinte mantenedores de todos os estados da federação, eminentemente empreendedores preocupados com a qualidade do ensino superior privado no Brasil,  através de um entrosamento, estreitado pelas dificuldades enfrentadas pelo segmento, apostou na atuação da ABRAFI enquanto real representante das Faculdades Isoladas e Integradas. 
Apesar de pouco tempo de existência, a ABRAFI tem atuado fortemente contra atos normativos e posturas que são contrárias aos interesses do ensino superior privado e público no Brasil.  

A ABRAFI promove reuniões mensais, onde são discutidas todas as questões corporativas de interesse do ensino superior privado no Brasil, e em especial das IES Isoladas e Integradas.